Le singe magot est sérieusement menacé d'extinction. Selon une étude universitaire commanditée par le Haut commissariat aux Eaux et Forêts et à la lutte contre la désertification, il y aurait trois générations manquantes. En d'autres termes avec la fin de la génération actuelle, le singe magot, seul singe d'Afrique du Nord et seul macaque hors d'Asie, disparaîtra à jamais si des mesures draconiennes ne sont pas prises dès maintenant pour le sauver. Il faut dire que l'espèce est plus que jamais en péril. En dépit des recommandations de plusieurs spécialistes et associations internationales de protection des espèces sauvages, les conditions de protection du singe magot ont rarement été respectées. Le département des Eaux et Forêts a souvent accusé le singe magot d'être parmi les éléments causant le dépérissement de la cédraie au Moyen Atlas.